Encontré hace tiempo ya un software para poder visualizar biomoléculas en 3D de forma interactiva (disponible para Linux y XP) . Rasmol/Chime es un programa que habilita hacerlo y cuenta con muchas opciones para hacerte la vda mas fácil a la hora de anaizar una molécula...
Puedes resaltar áreas que necesites para tu investigación, por ejemplo puentes de hidrogeno, disulfuro y los grupos químicos que caracterizan a los monómeros ke estes visualizando.
Puedes analizar cada molécula de diferente manera. si prefieres el modelo de barras y esferas, el de fueras de Van der Walls, superficie, con/sin color entre otros.
Puedes bajarrlo aqu luego de registrarte en la pagina principal de MDL® Chime o también en la página principal de Rasmol, luego estaré manos a la ovra con algún tutorial para sacarle el mayor provecho a ésta herramienta
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Extraido de MedChronicles